Pneumokoki najczęściej wywołują choroby górnych dróg oddechowych, zapalenie gardła, zatok oraz zapalenie oskrzeli. Pneumokoki są najczęstszą przyczyną zapalenia ucha środkowego, które u niektórych dzieci kończy się trwałą głuchotą. Bakterie mogą dostać się do krwi i wywołać zapalenie płuc, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, sepsę (posocznicę). Zakażenia pneumokokowe są jedną z głównych przyczyn zachorowalności i umieralności dzieci na świecie, co roku umiera ponad 1,5 mln osób z powodu zakażeń pneumokokowych, z tego ok. 1 mln z powodu zapaleń płuc. W Polsce każdego roku odnotowuje się ponad 1000 przypadków Inwazyjnej Choroby Pneumokokowej. Liczba zakażeń nieinwazyjnych nie jest dokładnie znana. Ocenia się, że na pneumokokowe zapalenie płuc choruje co najmniej kilkanaście tysięcy osób, a na zapalenie ucha środkowego kilkadziesiąt tysięcy osób.